1、主线剧情有以下集数：新一变柯南TV1-2集新一暗中观察的毛病始终改不了，这一次不走运的新一看见了神秘组织和某公司社长进行秘密交易，看的正起劲的时候不料被后面来的琴酒当头一闷棍干趴下。

(资料图片仅供参考)

2、变小后的新一来到了阿笠博士这里，说明原委后博士相信了他，不料小兰的突然造访，情急之下的新一急中生智，以江户川柯南的身份蒙混过关。

3、2、服部识破柯南身份TV59-60集通过细心的观察和推理，服部还是怀疑柯南的身份，作死的柯南把麻醉枪对准了服部，醒来的服部发现事情并不简单，威逼利诱下，柯南道出了实情。

4、两人正式成为好基友。

5、3、雪莉出场TV135-141集琴酒利用明美抢劫玩十亿元后便杀死了明美，雪莉对这件事耿耿于怀，组织也没有给一个明确的说法。

6、雪莉以停止研究为要挟，后被组织关押起来等待发落，期间雪莉偷偷服下了私藏的A药，逃出去的雪莉也是来到了阿笠博士这里，被博士发现后收养，化名为灰原哀。

7、中间灰原对柯南说了一句很意味深长的话：工藤，我想你从来没想过吧，半世纪前你已经在我们组织进行的秘密计划中，已经有很大关联了。

8、4、再会琴酒TV176-178琴酒接到组织的任务杀掉吞口议员，期间灰原和柯南发现了琴酒的车子保时捷356A，柯南在车上装上了窃听器，上车不久后，琴酒就发现了窃听器和一根啡色的头发。

9、匹斯可顺利的杀死了吞口议员的同时也发现了灰原哀的真实身份，灰原被带到一个酒窖里，后来经过柯南的指点，灰原暂时恢复了身体逃到了屋顶，却不料琴酒早已等候多时。

10、赶来救援的柯南一针射向了琴酒，灰原趁机从烟囱逃回酒窖。

11、5、人鱼篇TV241-243集柯南一家和服部两口子来到了人鱼岛观光，期间接二连三的发生命案，柯南调查名册的时候发现了宫野志保的名字，其中还有黑泽阵和鱼冢三郎的名字，这两个名字可能是琴酒和伏特加的真名。

12、6、纽约篇TV308-310集新一和小兰救下了假扮成杀人魔的贝尔摩德，这也为以后满月篇贝姐放过柯南埋下伏笔。

13、7、板仓卓的日记TV332-336集半仓做受到组织的威胁，要求其开发出一种未知软件，但是板仓卓说为了全人类，自己不能开发这种软件，期间板仓卓和贝尔摩德有一段意味深长的对话，我们既是上帝也是恶魔，我们要逆转时间的洪流，让死人复活。

14、8、宫野志保的录音带TV363-366集贝姐发现灰原哀的真实身份，灰原哀在厕所里找到了宫野艾莲娜留下的录音带。

15、重点是录音带的内容，录音带的前18卷提到了爱莲娜正在研究一种药物，大概率就是A药。

16、9、满月篇TV371-375集朱蒂发现了贝尔摩德就是沙朗温亚德，想借此除掉她，却不料被贝姐反打一波，命悬一线的时候，赤井秀一出来向贝姐开了一枪，虽说有防弹衣的保护，但还是被打断了三根肋骨。

17、情急之下的贝姐挟持柯南逃跑，柯南在身上装了收讯装置，监听到贝姐和BOSS联系的邮箱声音。

18、贝姐发现后用催眠瓦斯让柯南睡着，而自己则用手枪打自己保持清醒，柯南醒来后发现装置都被破坏，而身上则盖着贝姐的衣服。

19、10、黑色的冲击TV459-463集组织成员水无怜奈、基安蒂、科恩出场，暗杀任务被柯南、FBI阻止1黑色的影子TV502-505集贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意；瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。

20、12、红黑篇TV538-551集非常非常经典的一个主线篇，水无伶奈执行任务返程后出车祸被FBI救下，期间发现水无伶奈的真实身份是CAI的成员，是在黑衣组织的卧底，也确认了本堂瑛佑和水无伶奈是姐弟关系。

21、琴酒设计找到了水无伶奈并且最终成功营救水无伶奈，但是回到组织的水无伶奈似乎被怀疑忠诚度，于是琴酒要求她约出赤井秀一并杀死他，水无伶奈按照要求杀死了赤井秀一。

22、13、列车篇TV753-756集组织发现雪莉乘坐了这一趟的列车，并计划杀死雪莉，派出贝姐和波本来执行这一次任务，但柯南早就看穿了这一切，联系怪盗基德假扮雪莉，期间柯南一行人救下灰原哀。

23、列车到站之后，贝姐发现雪莉还活着，但是贝姐并没有向上报告，波本也开始怀疑赤井秀一死亡的真实性！。

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